Período 1990-2000

En 1991 el IMIM es acreditado por el Consejo de Universidades como Instituto Universitario.

En 1992 el Laboratorio Antidopaje del IMIM se encarga de la realización de las pruebas de dopaje de los Juegos Olímpicos y Paralímpicos organizados en Barcelona. Coincidiendo con este acontecimiento la reestructuración urbanística de la ciudad, el IMIM se traslada al edificio de la calle Dr. Aiguader 80 construido con esta finalidad.

En 1992 se creó la Fundación IMIM, entidad privada sin ánimo de lucro, teniendo por objetivo principal la investigación y la docencia de postgrado en el área de la Biomedicina y las Ciencias de la Salud y de la Vida, y su promoción en el ámbito del IMAS.

Según el DOG 274 del 19 de noviembre de 1993, el IMIM es reconocido como Instituto Universitario adscrito a la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), condición a la cual deberá renunciar años más tarde, debido a los acuerdos establecidos entre el IMAS y la UPF y al proceso de adscripción a esta universidad.

En el año 1995 se reorganiza la investigación del IMAS, introduciendo cambios en diferentes niveles: se elabora una política científica específica del IMAS, se crean las Unidades y Grupo de Investigación multidisciplinares (composición mixta con investigadores clínicos de los Hospitales), se mejoran los procesos administrativos, y se potencia la formación en investigación con un programa propio de tercer ciclo. Este proceso de reorganización hace efectiva la integración del personal de investigación del IMIM con los del resto del IMAS. Se constituye la Comisión de Investigación del IMAS.

En 1998 la ANEP efectúa una evaluación externa y, como consecuencia, el IMIM pasa a estructurarse en 13 Unidades y Grupos de Investigación, siete de los cuales están acreditados por la CIRIT como grupos de investigación de calidad. El instituto es acreditado por el Ministerio de Sanidad y Consumo como Unidad de Investigación Sanitaria Mixta, calificación que sólo mantienen tres centros en toda Cataluña.