En 1984 se constituyó el IMAS como organismo autónomo de la asistencia sanitaria municipal. Esto favoreció el despliegue de una política de investigación en los hospitales municipales y el establecimiento de un presupuesto específico.
En 1985, con motivo de la jubilación del Dr. Jordi Gras, es nombrado como nuevo director del IMIM el Dr. Jordi Camí, jefe del Servicio de Farmacología Clínica del Hospital del Mar, desde dónde dirigía estudios de investigación en el campo de las drogas de abuso. La reorientación del instituto permitió la incorporación de un nuevo grupo de Informática Médica procedente de la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) liderado por el Dr. Ferran Sanz
En 1985 el IMIM fue acreditado por el Comité Olímpico Internacional para el control antidopaje. También se convierte en un centro colaborador de la OMS (Oficina Regional Europea) en el área de drogas de abuso. Estos acontecimientos propician la incorporación del Dr. Jordi Segura como coordinador del área de Farmacología.
En 1987 se incorpora al IMIM un Grupo de Investigación en Epidemiología y Salud Pública liderado por Josep M. Antó, y más adelante un Grupo de Biología Celular bajo la dirección de Francesc X. Real, completando la base de la estructura actual del Instituto.
En 1988 el Departamento de Epidemiología y Salud Pública participa de forma protagonista en el descubrimiento de la asociación entre la descarga de soja en el puerto de Barcelona y las epidemias de asma aguda, las cuales comportaban algunos casos mortales. Posteriormente se demostró que estos brotes epidémicos eran frecuentes desde 1981.
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