Con el nombramiento del Dr. Jordi Camí como director del Instituto Municipal de Investigaciones Médicas (IMIM), en 1984 dio comienzo su segunda vida y se convirtió en un centro que apoyaba,
promocionaba, coordinaba y gestionaba la investigación científica en el ámbito de los hospitales municipales, tanto en el Hospital del Mar como en el Hospital de l'Esperança, sin olvidar la vertiente docente y de formación continuada de los profesionales de las ciencias de la salud. En el programa para la reestructuración del IMIM se realizaba un análisis pormenorizado de su plantilla, del personal, del presupuesto y de las inversiones previstas. En aquellos momentos, en palabras de su director, había secciones "como Inmunología y Bioquímica, que es necesario reordenar y fijar mucho más sus objetivos de investigación. Hay secciones que hay que mantener como están, es el caso de Bacteriología, que hace una investigación de punta. Hay secciones, como la de serología y la de farmacología y toxicología, que realizan buena investigación y hay que potenciarlas tanto con recursos humanos como materiales".
Las prioridades de la investigación se establecieronen cuatro grandes líneas: patología infecciosa, neurociencias, medicina del deporte y análisis de servicios sanitarios. Al mismo tiempo, una nueva fórmula de gestión a través de una fundación debía ayudar a ampliar su capacidad investigadora, con la autonomía suficiente para promover la llegada de aportaciones económicas externas a través de la concesión de ayudas.
Con la reinvención democrática de la investigación en el Hospital, se establecieron las bases para la modernización irreversible de todos sus ámbitos, desde la gestión, mediante la fórmula fundacional; el estreno de nuevas instalaciones en la calle del Dr. Aiguader; y la ampliación y organización de los objetivos de investigación, tanto en inmunología y microbiología como en farmacología, informática biomédica, epidemiología y salud pública, lo que comportó la llegada de nuevos profesionales cualificados. El estudio de las enfermedades prevalentes, de forma atenta a las necesidades reales de la sociedad, se convirtió en una prioridad.
En el año 2000, el IMIM se adscribió a la Universidad Pompeu Fabra, que posteriormente se convertiría en la universidad de referencia de la investigación y la docencia en el Hospital del Mar.
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